אחד הפתרונות החדישים המוצעים כיום לצורך איזון ושיקום אוכלוסיית החיידקים הינו השתלת מיקרוביום, פיתרון המבוסס על שיטת רפואה עתיקת יומין בה משתילים בבעלי החיים החולים אוכלוסיות חיידקים שנלקחו מבעלי חיים בריאים ובכך מחזירים את האיזון למערכת העיכול ולגוף כולו.
השיטה הוכחה כיעילה במצבים דומים בבני אדם ומיושמת במרכזים רפואיים מובילים בארץ ובעולם, לשיטה יש את הפוטנציאל לשפר מצבים, לרפא ולמנוע מחלות המקושרת לחוסר האיזון ויש להציעה בעיקר במצבים המתבטאים בשלשול אקוטי וכרוני שאינו מגיב לטיפולים מקובלים, ובאלו בהם לא נמצאה אבחנה חד משמעית.